『箱船に乗れるのはひとりだけ……』　平凡な高校生活を送っていた谷内勇次。ある日、幼なじみである影山美保の兄・秀一が、陸上大会で驚異的なタイムを出した後、全身を破裂させた。その後、次々と怪物に襲われる勇次は、己が絶滅動物の遺伝子を組み込まれたX－GENE（イクスジーン）であることを知る。生き残れるイクスジーンはたったのひとり………………・・最強の遺伝子を決める戦いが今、幕を開ける！